Notre équipe étudie les mécanismes médiés par les petits ARN non codants qui régulent l'expression des gènes dans les événements normaux et pathologiques de la physiologie cellulaire humaine, y compris les macrophages et les spermatozoïdes. Les efforts actuels visent à déterminer la pertinence biochimique et biologique du mode d'action spécifique à la séquence des petits ARN non codants et de leurs complexes moléculaires associés à l’échelle des gènes spécifiques ou du génome. Une intégration de systèmes modèles tels que biochimiques, cellulaires et épigénétiques est employée, incorporant des approches de séquençage à haut débit, de spectrométrie de masse et de bio-informatique, pour étudier la contribution des petits ARN non codants au développement de fonctions spécialisées dans la physiologie cellulaire et la pathogenèse des maladies inflammatoires.

Projets

People
M. Trabucchi

M. TrabucchiDirecteur de recherche
Mail michele.trabucchi@unice.fr

Nous étudions la complexité de la répression post-transcriptionnelle médiée par les microARN dans les cellules humaines.

Dans le cadre du contrôle post-transcriptionnel, un code combinatoire entre les éléments CIS (séquence d’ARN) et TRANS (protéines de liasions à l’ARN et microARN) permet un contrôle du devenir des ARN cibles, en masquant ou en exposant des sites de liaison spécifiques.
Le défi consiste maintenant à intégrer l’action des microARN et celle des protéines de liasions à l’ARN dans les compartiments subcellulaires pour décoder la complexité du contrôle post-transcriptionnel dans la physiologie/pathologie des cellules humaines. Les oligonucléotides antisens et les antagonistes pharmacologiques de la biogenèse des petits ARN non codants sont explorés pour effectuer des changements spécifiques de l'expression des gènes comme base de la « thérapie à base d'ARN ».

Publications sélectionnées :

  1. Serra F*, Bottini S*, Pratella D, Stathopoulou MG, Sebille W, El-Hami L, et al. Trabucchi M# (2021) Systemic CLIP-seq analysis and game theory approach to model microRNA mode of binding. Nucleic Acids Res. 49(11):e66.
  2. M. Trabucchi# and R. Mategot (2019) Subcellular heterogeneity of the microRNA machinery. Trends in Genetics 35(1): 15. (Review)
  3. S. Bottini, D. Pratella, V. Grandjean, E. Repetto, M. Trabucchi# (2018) Recent development on CLIP-seq analysis and implications in miRNA targeting. Briefings in Bioinformatics doi: 10.1093/bib/bbx063.
  4. S. Bottini*, N. Hamouda-Tekaya*, R. Mategot, L.E. Zaragosi, S. Audebert, S. Pisano, V. Grandjean, C. Mauduit, M. Benahmed, P. Barbry, E. Repetto, M. Trabucchi# (2017) Post-transcriptional gene silencing mediated by microRNAs is controlled by nucleoplasmic Sfpq. Nature Communications 8(1):1189.
  5. S. Bottini, N. Hamouda-Tekaya, B. Tanasa, L.E. Zaragosi, V. Grandjean, E. Repetto, M. Trabucchi# (2017) From benchmarking HITS-CLIP peak detection programs to a new method for identification of miRNA-binding sites from Ago2-CLIP data. Nucleic Acids Research 45(9):e71.
  6. P. Bruscella, S. Bottini, C. Baudesson, J.M, Pawlotsky, C. Feray, M. Trabucchi# (2017) Viruses and miRNAs: More Friends than Foes. Front Microbiol. 8:824. (Review)
  7. B. Siddeek, N. Lakhdari, L. Inoubli, R. Paul-Bellon, V. Isnard, E. Thibault, A. Bongain, D. Chevalier, E. Repetto, M. Trabucchi, J.F. Michiels, U. Simeoni, M. Urtizberea, C. Mauduit, M. Benahmed#  (2016) Developmental epigenetic programming of adult germ cell death disease: polycomb protein EZH2 -miR-101 pathway. Epigenomics 8(11):1459-1479.
  8. E. Repetto, P. Briata, N. Kuziner, B.D. Harfe, M.T. McManus, R. Gherzi, M.G. Rosenfeld, M. Trabucchi# (2012) Let-7b/c enhance the stability of a tissue-specific mRNA during mammalian organogenesis as part of a feedback loop involving KSRP. Plos Genetics Jul;8(7): e1002823.
  9. Q. Hu, B. Tanasa*, M. Trabucchi*, W. Li, J. Zhang, K.A. Ohgi, D.W. Rose, C.K. Glass, M.G. Rosenfeld (2012) DICER- and AGO3-dependent generation of retinoic acid-induced DR2 Alu RNAs regulates human stem cell proliferation. Nature Structural & Molecular Biology 19, 1168-1175.
  10. R. Gherzi*, M. Trabucchi*, M. Ponassi, I.E. Gallouzi, M.G. Rosenfeld, P. Briata (2010). Pitx2, a required factor in myoblast differentiation, is phosphorylated by AKT and controls cyclin D1 mRNA decay. Cell Death & Differ.
  11. M. Trabucchi, P. Briata, M.F. Garcia-Mayoral, A.D. Haase, W. Filipowicz, A. Ramos, R. Gherzi, M.G. Rosenfeld (2009). The RNA-binding Protein KSRP Promotes the Biogenesis of a Subset of miRNAs. Nature 459:1010-1014.
People
M. Trabucchi

M. TrabucchiDirecteur de recherche
Mail michele.trabucchi@unice.fr

Les macrophages sont impliqués dans la régulation de l'initiation, du développement et de la résolution des processus inflammatoires. De plus, ces cellules jouent des rôles importants d'immunorégulation et de réparation tissulaire.

La dérégulation du phénotype et de la fonction des macrophages est de plus en plus reconnue dans plusieurs maladies inflammatoires et auto-immunes. Nous et d'autres avons démontré que différentes classes de petits ARN non codants, tels que l'YRNA et les microARN, jouent un rôle dans la (dé)régulation de l'expression génique dans les fonctions des macrophages et dans leur réponse physiologique et pathologique. Nous étudions les mécanismes et les conséquences fonctionnelles de la dérégulation du complexe Ro60-YRNA dans les maladies auto-immunes et leurs comorbidités cardiométaboliques. D'un point de vue clinique, les données générées ici serviront à évaluer de manière mécanistique la résistance des traitements immunosuppresseurs aux maladies immunitaires et inflammatoires systémiques.

Publications sélectionnées :

  1. Costa VL, Ruidavets JB, Bongard V, Perret B, Repetto E, Stathopoulou MG, Serra F, Benahmed M, Mauduit C, Grandjean V, Ferrières J, Martinez LO#, Trabucchi M.# (2021) Prediction of coronary heart disease incidence in a general male population by circulating non-coding small RNA sRNY1-5p in a nested case-control study. Sci Rep. 11(1):1837. doi: 10.1038/s41598-021-81221-8.
  2. Martis N, Jamme M, Bagnis-Isnard C, Pouteil-Noble C, Presne C, Vigneau C, et al. (2021) Systemic autoimmune disorders associated with thrombotic microangiopathy: A cross-sectional analysis from the French National TMA registry: Systemic autoimmune disease-associated TMA. Eur J Intern Med.
  3. Levraut M, Legros L, Drappier C, Béné MC, Queyrel V, Raynaud S, Martis N (2020) Low prevalence of JAK2 V617F mutation in patients with thrombosis and normal blood counts: a retrospective impact study. J Thromb Thrombolys. 50(4):995-1003.
  4. Z. Hizir, S. Bottini, V. Grandjean, M. Trabucchi#, E. Repetto# (2017) RNY-derived small RNAs promotes macrophage inflammation and cell death. Cell Death & Disease 8:e2530.
  5. Z. Hizir, M. Trabucchi#, E. Repetto# (2016) Valeur diagnostique des petits ARN dérivés des Y-RNAs dans les cardiopathies coronariennes. Med Sci (Paris). 32(3):248-51. (Review)
  6. E. Repetto#, L. Lichtenstein, Z. Hizir, N. Tekaya, M. Benahmed, J.B. Ruidavets, L.E. Zaragosi, B. Perret, L. Bouchareychas, A. Genoux, R. Lotte, R. Ruimy, J. Ferrières, P. Barbry, L.O. Martinez, M. Trabucchi#. (2015) RNY-derived small RNAs as a signature of Coronary Artery Disease. BMC Medicine 13(1):259.
  7. S. Saccani# and M. Trabucchi# (2015) Regulation of stimulus-inducible gene expression in myeloid cells. Seminars in Immunology Feb;27(1):33-43 (Review)
  8. T. Ruggiero*, M. Trabucchi*, F. De Santa, S. Zupo, B.D. Harfe, M.T. McManus, M.G. Rosenfeld, P. Briata, R. Gherzi (2009). LPS induces KH-type splicing regulatory protein-dependent processing of microRNA-155 precursors in macrophages. FASEB J23:2898-2908.
People
V. Grandjean

V. GrandjeanChargée de recherche
Mail Valerie.Grandjean@unice.fr

De nouvelles preuves suggèrent que plusieurs maladies non transmissibles, y compris l'obésité et ses troubles métaboliques associés, sont transmises des parents à la progéniture sur plusieurs générations par des mécanismes épigénétiques.

Bien que le ou les mécanismes moléculaires impliqués dans un tel processus restent flous, nous avons mis en évidence le rôle central des petits ARN non codants du sperme comme vecteur de transmission. Nous avons développé des modèles murins d'hérédité épigénétique paternelle pour des pathologies cardiométaboliques en exposant les descendants mâles à des régimes alimentaires déséquilibrés pendant plusieurs générations. Génération après génération, la susceptibilité à développer des caractéristiques de troubles cardiométaboliques augmente chez la progéniture. Le rôle des petits ARN non codants spermiques dérégulés dans l'établissement de nouveaux profils épigénétiques est étudié. Des recherches sur des échantillons humains sont également menées pour associer la dérégulation des petits ARN non codants spermatiques au développement de troubles cardiométaboliques.

Publications sélectionnées :

  1. Gong P, Bailbé D, Bianchi L, Pommier G, Liu J, Tolu S, Stathopoulou MG, Portha B, Grandjean V, Movassat J. Paternal High-Protein Diet Programs Offspring Insulin Sensitivity in a Sex-Specific Manner (2021). Biomolecules. 2021 May 18;11(5):751.
  2. Raad G, Serra F, Martin L, Derieppe MA, Gilleron J, Costa VL, Pisani DF, Amri EZ, Trabucchi M, Grandjean V# (2021). Paternal multigenerational exposure to an obesogenic diet drives epigenetic predisposition to metabolic diseases in mice. Elife. Mar 30;10:e61736.
  3. Raad G, J Azouri, K Rizk, N Zeidan, J Azouri, V Grandjean, M Hazzouri (2019) Adverse Effects of paternal obesity on the motile spermatozoa quality. Plos One. 14(2): e0211837.
  4. Raad G, Hazzouri M, Bottini S, Trabucchi M, Azoury J, Grandjean V. (2017) Paternal obesity: how bad is it for sperm quality and progeny health? Clin Androl. Oct 26;27:20.
  5. Grandjean V#, S Fourré, DA Fernandes De Abreu, MA Derieppe, JJ Remy and M Rassoulzadegan (2015) RNA-mediated paternal heredity of diet-induced obesity and metabolic disorders. Sci Rep 5:18193.
  6. Grandjean V, Gounon P, Wagner N, Martin L, Wagner KD, Bernex F, Cuzin F, Rassoulzadegan M. (2009) The miR-124-Sox9 paramutation: RNA-mediated epigenetic control of embryonic and adult growth. Development.  Nov;136(21):3647-55.
  7. Kiani J*, V Grandjean*, R Liebers, F Tuorto, H Ghanbarian, F Lyko, F Cuzin, M Rassoulzadegan (2013) RNA-mediated epigenetic heredity requires the cytosine methyltransferase Dnmt2. PLoS Genet. May; 9(5):e1003498.
  8. Rassoulzadegan M, Grandjean V, Gounon P, Vincent S, Gillot I, Cuzin F. (2006) RNA-mediated non-Mendelian inheritance of an inheritance of an epigenetic change in the mouse Nature 431, 469-474.

Publications

Paternal peri-conceptional physical activity and the risk of congenital heart disease in offspring: A case-control study.

Auteurs Atieh O, Azzi NMJ, Lteif GJ, Atieh NA, Germanos NY, Grandjean V, Yarkiner Z, Saliba Z, Khalife MF, Raad G

Andrology Apr 2024

 [EMDR («Eye Movement Desensitization and Reprocessing») with children and adolescents].

Auteurs Schweich M, Vervier JF, Grandjean V

Revue medicale de Liege Oct 2023

 Impact of testicular cancer on sperm small non-coding RNA signature: a pilot study.

Auteurs Dupont C, Stathopoulou MG, Illy PJ, Sermondade N, Levy R, Trabucchi M, Prades M, Haj Hamid R, Berthaut I, Grandjean V

Epigenetics Jul 2023

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